故事根据导演彭浩翔的小说《特别任务连》改编，讲一班飞虎队员想召妓，但又不敢在香港搞，最后要偷渡去澳门。原本进展顺利的计划，因为澳门司警的扫黄行动逐渐演变成一场闹剧。众人身为警员，反遭牢狱之灾，利用绝技逃生，却被全面通缉，孤注一掷之下，竟又与贼同船。几经斗智斗勇，众人不仅了解到彼此的心结，更阴差阳错的成为缉拿悍匪贼王滔的关键。每名飞虎队员也在这场建队历史上，绝无仅有的行动中，重新认识了自己，领悟到团队精神之重要。

香港以前本来没有女子特警队，但因为Madam胡（胡慧中 饰）和Madam罗（罗芙洛 饰）两名女警长的出色表现，令到警局高层决定以她们为班底，组建有史以来第一支女子特警队——霸王花。Madam胡和Madam罗分别担任队长带队训练。女子特警队的训练一点也不比飞虎队轻松，在两人的严格训练下，霸王花很快就能出动执行任务了。岂料在和飞虎队一起执行一次保护珠宝任务时，Madam胡领军的霸王花被飞虎队均被国际大盗制伏。紧要关头，Madam罗率队赶到！

在一个空房间内，军火走私商陈飞虎打死了一个暴露了身份的同伙后，又想对前来的特警雷囊下毒手，他命令手下占美干掉雷鹏，而占美是早已被派在匪窝里卧底的特警。紧急关头，占美把自己腰间的手枪扔给雷鹏，两人共同与匪徒进行枪战。这时另一走私商周其发乘直升飞机救走了陈飞虎。 与雷鹏青梅竹马的女友丽娜为了给病重的妹妹治病，不得已向周其发卖身借债。而周其发为了达到长期占有丽娜的目的，引诱她吸毒，使其陷入毒品之中不能自拔。 周其发设阴谋突然袭击军火商黎亨利的海上运货船，妄图发一笔不义之财。黎亨利的助理、香港女特警伊安琪不幸受伤