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2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类