故事发生在明朝末年，袁承志是忠臣袁承焕的儿子，在父子横死之后，袁承志由仆人带领，逃亡至华山，成为了华山派掌门人穆人清的弟子。一次偶然中，袁承志于一个山洞内发现了武林传奇金蛇郎君的遗骨，亦发现了失传已久的金蛇秘籍，就此练就了金蛇剑法。为了完成金蛇郎君的遗愿，袁承志踏上旅途寻找名为温仪的女子，又在途中结识了温青青，袁承志就此被卷入了一段几代人之间的爱恨情仇之中。让袁承志没有想到的是，温婉可人的温青青，其真实身份正是金蛇郎君的女儿。

数年前捉妖门派御剑阁封印了最强妖王—金蛇夫人。数年后，封印金蛇夫人的御神剑被盗走，金蛇夫人逐渐复活。守护御神剑的小妖曲灵携手御剑阁弟子边小涯共同找回御神剑，将金蛇夫人再次封印。

金蛇郎君夏雪宜全家被温家堡恶人所杀，前往温家寻仇的过程中与温家小姐温仪相爱结合生下女儿青青，却无奈温家几老利用温仪使夏雪宜重伤，温仪亦被推入井中活埋。成年后的青青蛮横凶恶，巧遇了袁崇焕之子袁承志，日久生情，但是袁承志却钟情于救下的弱女子阿九。袁承志此时已经是金蛇郎君的徒弟，誓报父仇，金蛇郎君与五毒教妖女何红药之间恩怨纠缠，牵扯到了若干人等，而阿九的真正身份居然是明朝公主，李自成起义、清兵入关，国仇家恨爱恨情仇，袁承志该如何抉择？